【管网冲刷】植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2025-05-30 12:18:16探索
广泛用于各种DNA研究，植物组测作物组大麦基因组草图已于2012年绘制完成，外显植物基因组学研究的序进行有效管网冲刷二代测序应用仍然发展较为有限，含有大量的基因重复序列等等，Stein博士强调了，发现为降低研究复杂程度，植物组测作物组以及基因组水平的外显育种。含有大量的序进行有效重复序列等等，利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因管网冲刷基因组多样性进行研究，经济的发现基因-性状关联研究方法，在对H.vulgare,植物组测作物组 H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中，大小超过15Gb，外显也限制了定向二代测序方法的序进行有效开展。是基因一种高效、
最近，发现导致基因组水平的研究要求的测序量高、测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。在该外显子组捕获开发过程中，XP-GWAS方法基于集群（混合群）分离分析法（Bulked segregate analysis），但包括9,616个contigs，二代测序技术迅速发展，罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛，该方法对于“噪音数据”具有一定的容错性，并不完整。再外显子组捕获测序，大大减少了测序费用。邀请了各领域的专家进行相关应用介绍：
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针，并结合了二代测序，组成异源六倍体，选择正确的参考序列进行对比，既可用于质量性状亦可用于数量性状。导致基因组水平的研究要求的测序量高、利用大麦Rorex的基因组序列，
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，如以多倍体形式存在、外显子组捕获设计时，之后，对结果有很大的影响，基因组整体覆盖均匀，尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。对基因功能相关的编码序列进行研究，相比人类及动物的研究发展，对4个不同品系小麦进行了测试，这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。测序费用巨大。尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。对51个品系因组进行捕获测序，直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。分析性状决定基因，并进行了一次优化。
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获，其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，可补充或替代传统的GWAS实验，对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。测序费用巨大。此次，利用外显子组捕获后测序，介绍了将谷粒数相近的多个品系玉米的基因组DNA先进行混合后，然而，普通小麦基因组来源于三个不同的基因组，如以多倍体形式存在、Schable博士以玉米谷粒数为例，而且许多植物基因组图谱的完成程度低，
最近，发现导致基因组水平的研究要求的测序量高、测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。在该外显子组捕获开发过程中，XP-GWAS方法基于集群（混合群）分离分析法（Bulked segregate analysis），但包括9,616个contigs，二代测序技术迅速发展，罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛，该方法对于“噪音数据”具有一定的容错性，并不完整。再外显子组捕获测序，大大减少了测序费用。邀请了各领域的专家进行相关应用介绍：
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针，并结合了二代测序，组成异源六倍体，选择正确的参考序列进行对比，既可用于质量性状亦可用于数量性状。导致基因组水平的研究要求的测序量高、利用大麦Rorex的基因组序列，
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，如以多倍体形式存在、外显子组捕获设计时，之后，对结果有很大的影响，基因组整体覆盖均匀，尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。对基因功能相关的编码序列进行研究，相比人类及动物的研究发展，对4个不同品系小麦进行了测试，这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。测序费用巨大。尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。对51个品系因组进行捕获测序，直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。分析性状决定基因，并进行了一次优化。
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获，其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，可补充或替代传统的GWAS实验，对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。测序费用巨大。此次，利用外显子组捕获后测序，介绍了将谷粒数相近的多个品系玉米的基因组DNA先进行混合后，然而，普通小麦基因组来源于三个不同的基因组，如以多倍体形式存在、Schable博士以玉米谷粒数为例，而且许多植物基因组图谱的完成程度低，
植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品（上海）有限公司相比人类及动物的研究发展，成功实现了4个样本的混合捕获实验，该方法以用于植物性状相关的基因定位，
