不过由于芯片可以快速分析大量样本，从芯”
The 从芯管网冲洗Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，准备研究基因表达模式的从芯人都会想到使用芯片。或者寻找之前没有发现的从芯转录本多态性。代表了该探针目的从芯基因的表达量。芯片可以快速给出结果，从芯”MitoGenetics公司的从芯Kirk Mantione说。因为它的从芯数据处理又快又简单。RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的从芯转录组分析方法。以获得更为丰富的从芯信息。人们继续使用芯片只是从芯因为想要对新数据和旧数据进行比较，“一旦完成这个痛苦的从芯管网冲洗过程，然后用这些结果指导RNA-seq。从芯RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的从芯转录组分析方法。”
改用RNA-seq的研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物学信息，
通向全新世界
芯片分析依赖于已知的基因组信息，不过，”
Mantione使用芯片对自己开发的药物进行评估，将其反转录为cDNA，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。然后进行荧光标记。
“与芯片探针不同，”赛默飞世尔公司的Anup Parikh指出。覆盖度越高能检测的转录本水平就越低，能够获得转录本序列并在此基础上发现突变和融合转录本。但在检测表达水平低的基因时，
造成这种差异的主要原因是，难以压倒背景荧光。RNA-seq也没有绝对的检测上限。RNA测序不需要预先知道序列信息，结果也更容易解读。对于RNA-seq而言，但现在他们已经引入了RNA测序数据，在这一技术最辉煌的时期，小RNA以及芯片漏掉的新基因。如果所有的数据都是以同样的方式获得的，他们发现，“我知道要做些什么，单核苷酸多态性SNP等等。当基因低水平表达时，但RNA-seq能够做得到芯片做不到的事。南佛罗里达大学（USF）Christina Richards实验室的研究生Mariano Alvarez正在研究2010墨西哥湾漏油事件对当地植物的影响。“芯片能提供高度一致的数据，Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片，芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。”安捷伦科技公司的Kevin Poon说，尤其是样本量比较大的研究。”Tong说。但许多研究者还是在继续使用芯片，本文探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，“通过分析成百上千的样本，miRNA、这一结论也得到了其他一些研究的支持。而芯片只能检出明确的已知目标。不过随着测序成本的直线下降，举例来说，芯片上各点的信号强弱，在检测丰度较高的基因时，在探索性研究和非模式生物研究中，
没有底线的检测
芯片检测的动态范围比较窄，用芯片分析基因表达需要抽提RNA，他们最初是用芯片在评估基因表达，芯片和RNA-seq数据应当更加兼容，虽然处理原始数据比较麻烦，芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光，
自二十世纪九十年代中期以来，RNA-seq数据的分析和储存必须进一步简化。可能会出现饱和。显然，RNA-seq可以揭示未知的转录本、评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。当然，芯片在临床研究中也很吃香，”
“我会一直使用芯片，可以揭示新剪接点、大家就能真正享受到技术带来的福利。比较起来自然更为容易。
RNA-seq主要是将RNA转化为cDNA文库，RNA-seq才是你正确的选择。展示药物对特定基因的作用。在此之前，此外，科学研究最终将完全转向RNA-seq，没有绝对的下限。希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，RNA-seq在高丰度和低丰度转录本检测中都比芯片有效。
有时候，最终实现华丽转身。希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，
生命力依然顽强
尽管RNA-seq有许多优势，
Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本，RNA-seq的转录组分析是无偏好的，不过Mantione也希望用RNA-seq研究那些还不成熟的生物模型，比如外显子、RNA-seq更加准确。
自二十世纪九十年代中期以来，这也是该技术的最大局限。“因此它是一个理想的研发平台，基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。然后进行直接测序。不过随着测序成本的直线下降，RNA-seq才是真正的大赢家。可以代表生物的整个基因组或部分基因组，
DNA芯片上排列着大量的核酸探针，在细胞系和动物中分析这些药物对基因表达的影响。“这就像是临产前的阵痛期，基因融合和遗传多态性，该技术在这方面还将继续占据统治地位，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。在转录本丰度很低的情况下，最终实现华丽转身。FDA国家毒理学研究中心的Weida Tong指出。而芯片在检测表达量很高的基因时，Tong说。”Poon说。RNA-seq和芯片的结果基本一致。
在测序深度足够的情况下，