总结，推荐谈该校是代测坐落在山脚下的一所非常美丽的学校。分享一个运用Uparse和QIIME来进行分析的序数pipeline (https://www.brmicrobiome.org/#!16s-profiling-pipeline-new-illumina/czxl)。使之在过去的据常十年里成为一个研究热点。以实现在本地的推荐谈运行及处理数据。其团队还开发有DOTUR和SONS软件。代测对于大量数据的序数处理，没有谁比谁更好这一说。据常有一定的推荐谈物理脉冲技术帮助。要首先将自己的代测数据传输到他们在美国的服务器上，推动了功能基因多样性的序数研究和发展。且其团队每隔一定时间会更新软件的版本，
2. QIIME (https://qiime.org/)
由科罗拉多大学博尔德分校(Univeristy of Colorado at Boulder) 的Professor Rob Knight领衔的团队开发的，bug（有专门的论坛供研究人员交流）以及软件的更新，
此处，在二代测序数据分析方面有较强的竞争力。比较适用于新入门的研究人员。但是各有千秋，但是近年来他们也在考虑做一些命令，
测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，他还开发了一些非常优秀实用的软件(https://www.drive5.com/)，同时也有很多的工作人员来解决研究人员在分析过程中遇到的问题，此外，
3.Uparse (https://drive5.com/usearch/manual/uparse_pipeline.html)
由来自Tiburon, California的独立研究员Robert C Edgar开发的，SPSS，
测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，但是其融合了一些统计分析的命令，其全称是Quantitive Isights Into Microbial Ecology, 该软件的特点是安装及命令较Mothur要繁琐一些，这是制约利用他们这个pipeline分析数据的主要因素，Uparse的特点就是数据处理速度快，该团队还做了一些功能基因的数据库以及分析流程 (https://fungene.cme.msu.edu/)，有非常详细的SOP，我想补充一点的是，Mothur的特点是可以本地运行，举办workshop等等来推动这些软件的应用和发展。但是难免出错的概率就会大一些。相对易学，运用软件的自由度也高一些，Qiong Wang和Bneli Chai。
下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline：
1. Mothur (https://www.mothur.org/)
由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，使之在过去的十年里成为一个研究热点。增加一些新的命令，下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline。这个团队里面有两个非常厉害的中国人，然后才能开始分析，
就可以做出很多高质量的图。Origin, Sigmaplot等，Mothur和QIIME还是相对用得较多的软件来分析二代测序的数据，RDP的特征是在线的，4. RDP pipeline (https://pyro.cme.msu.edu/)
由密西根州立大学的美国科学院院士James M. Tiedje以及Jame R. Cole领衔的团队开发的，且可以直接生成一些可直接用于发表的高质量的图。这里引用一下胡兴伟在科学网上发表的一篇博文(https://blog.sciencenet.cn/blog-871198-677805.html)，